Nel 1325, con bolla pontificia, Cortona ottenne nuovamente un proprio vescovo, separandosi definitivamente dalla curia aretina. La scelta del Pontefice aveva un chiaro risvolto politico: rafforzare la città e indebolire l’autorità dei Tarlati signori di Arezzo, i quali per lungo tempo avevano preteso diritti tanto spirituali quanto temporali su Cortona. Nello stesso anno, la città passò sotto la signoria di Ranieri Casali (figlio di Guglielmino di Uguccio e di una nobildonna della famiglia Ghinori conti di Fasciano), il primo di una dinastia destinata a governare Cortona per oltre ottant’anni:
- Ranieri Casali (1325–1351). Primogenito di Guglielmino, guidò la famiglia in un periodo di forti tensioni interne ed esterne, segnate dalle rivalità con Perugia e con i Tarlati, nonché da tentativi di congiura orditi anche all’interno dello stesso casato. Accorto nel tessere alleanze, consolidò la propria posizione promulgando nuovi statuti cittadini e rafforzando l’assetto difensivo di Cortona.
- Bartolomeo Casali (1351–1363). Succeduto al padre, continuò la politica di alleanze, avvicinandosi ai Visconti di Milano per contenere l’influenza di Perugia. Il suo governo affrontò sfide militari. Sostenne Cortona in una delicata fase di espansione e consolidamento territoriale, ma senza successi duraturi.
- Francesco Casali (1363–1375), mantenne inalterata l’alleanza con Milano e con Siena, destreggiandosi tra le continue lotte tra i potentati toscani e umbri.
- Niccolò Giovanni Casali (1375–1384), divenne signore in giovane età. Il suo regno fu caratterizzato da conflitti interni e devastazioni causate dalle compagnie di ventura. Tentò di mantenere un equilibrio diplomatico con Firenze, Siena e Perugia, ma morì prematuramente durante un’epidemia di peste, lasciando il potere instabile.
- Uguccio Urbano Casali (1384–1400). Zio di Niccolò Giovanni, prese il potere con un colpo di mano. La sua signoria fu contrassegnata da episodi di violenza e controversie, sia contro avversari interni sia in politica estera, dovendo districarsi tra la continua espansione di Firenze e le mire di Perugia. Proprio la sua vicinanza strategica a Firenze, benché oscillante, non gli impedì di macchiarsi di misfatti che gli alienarono il favore di gran parte dei Cortonesi.
- Francesco Senese Casali (1400–1407). Nipote di Uguccio Urbano, ereditò una situazione particolarmente complessa. Cercò di mantenere la città indipendente e di tessere rapporti pacifici con i Comuni vicini, compresa Firenze. Nonostante l’iniziale fiducia guadagnata tra i Cortonesi, fu assassinato nel 1407 per mano del nipote Aloigi Battista Casali, in un nuovo episodio di congiure interne che minarono le fondamenta della dinastia.
- Aloigi Battista Casali (1407–1409). Salito al potere dopo aver eliminato lo zio, governò con durezza e incontrò presto l’ostilità della popolazione, esasperata sia dalle violenze interne sia dai passaggi degli eserciti che devastavano il territorio. L’odio popolare crebbe al punto da spingere i Cortonesi a consegnarsi a Ladislao re di Napoli, in transito con le sue truppe attraverso la Valdichiana.
- La fine della signoria (1409). Con la sottomissione a Ladislao, terminò la parabola della dinastia dei Casali su Cortona. Aloigi Battista fu catturato e condotto a Napoli, dove rimase a lungo prigioniero.
Con la cacciata dei Casali e il passaggio sotto altre entità politiche come il Regno di Napoli prima e poi Firenze, Cortona si avviò verso un nuovo corso della propria storia. Se da un lato la città vide la fine di un’epoca segnata da lotte intestine e intrighi familiari, dall’altro la perdita dell’indipendenza comunale segnò l’inserimento sempre più stabile degli Stati toscani.Nel 1411 Cortona entrò stabilmente nell’orbita fiorentina dopo che la Repubblica fiorentina l’acquistò da Ladislao re di Napoli il quale se ne era impadronito due anni prima. L’annessione comportò il pagamento di una consistente somma e l’istituzione di un Capitanato. Di fatto, la politica fiorentina si rivelò da subito gravosa: per rientrare delle ingenti spese di acquisto, furono confiscati i beni dei Casali e furono imposte nuove e severe tassazioni alla cittadinanza. Le conseguenti proteste fecero emergere un malcontento che, pur senza esplodere in aperte rivolte come accadde invece più volte ad Arezzo, influenzò la vita politica e sociale cortonese. Nel corso del 1400, il territorio cortonese subì ripetute incursioni o passaggi di eserciti: dalle truppe milanesi, fino al transito, dell’armata di Alfonso d’Aragona. Ciò nonostante, Cortona rimase nel complesso fedele alla propria nuova dominante, anche quando, Vitellozzo Vitelli, sobillò una rivolta contro Firenze e ottenne l’appoggio della famiglia Medici temporaneamente esiliati. Nel giro di pochi anni, tuttavia, il potere dei Medici tornò saldo, rafforzandosi ulteriormente con l’elezione al soglio pontificio di Leone X (Giovanni de’ Medici. Il 1531segnò la definitiva imposizione del principato mediceo: con l’appoggio dell’imperatore Carlo V e di papa Clemente VII (anch’egli Medici), si pose fine all’ultimo governo repubblicano di Firenze. Cortona, per la sua posizione strategica, ricoprì un ruolo decisivo nei piani di difesa di Cosimo I contro i possibili tentativi di riconquista senese e contro le incursioni dello Stato Pontificio A tal fine, il granduca ordinò la ricostruzione e l’ampliamento delle opere fortificate. Nel frattempo, le vicende artistiche conobbero a Cortona un momento di grande splendore: il Beato Angelico soggiornò in città, lasciando molti capolavori . Successivamente nacque a Cortona Luca Signorelli, tra i maggiori pittori rinascimentali. Durante il 1500 la fedeltà alla dinastia medicea garantì al territorio cortonese un periodo di relativa stabilità, benché non mancassero tassazioni straordinarie per finanziare le fortificazioni. La città perse quasi del tutto l’originario aspetto medievale, a causa degli abbattimenti di borghi e torri e della costruzione di nuove strutture difensive; tuttavia, questo periodo di quiete favorì anche iniziative culturali: sorsero diverse Accademie e si rafforzarono le istituzioni religiose, in parte influenzate dalle direttive del Concilio di Trento. Con il progressivo affermarsi del granducato mediceo, Cortona continuò a distinguersi anche per l’attività architettonica, in particolare nella seconda metà del Cinquecento: ne sono esempio l’ampliamento del Palazzo Comunale, la costruzione del campanile della Cattedrale e di vari palazzi signorili e chiese a impianto rinascimentale. Nel Seicento, lo Stato toscano, attraversò fasi di grave crisi economica e demografica: l’aggravarsi delle tassazioni e la stagnazione delle attività agricole e manifatturiere pesarono anche su Cortona. Alla morte di Gian Gastone, ultimo granduca Medici, la Toscana passò per volere delle potenze europee agli Asburgo Lorena . Con Francesco II e ancor più con il figlio Pietro Leopoldo, ebbe avvio una stagione di profonde riforme, mirate a svecchiare l’assetto amministrativo e a modernizzare le infrastrutture dello Stato. In questo contesto assunse una rilevanza particolare la bonifica della Valdichiana, più volte tentata in passato ma mai compiuta in modo risolutivo. L’intervento lorenese puntò su un sistematico piano di canalizzazione e colmata, con l’obiettivo di restituire ampie aree malsane alla produzione agricola. Non mancarono tuttavia le proteste della popolazione più povera, che vedeva diminuire le tradizionali attività di pesca e raccolta di canne nelle zone palustri; a lungo termine, però, il recupero di terreni coltivabili contribuì notevolmente allo sviluppo economico di Cortona e dei centri limitrofi, modificandone il paesaggio e favorendo un graduale incremento demografico. Nel 1799 le truppe napoleoniche tentarono di occupare Cortona nell’ambito dell’invasione francese della Toscana. La partecipazione patriottica dei cortonesi alle rivolte contro il regime granducale culminò con il plebiscito , attraverso il quale la popolazione si espresse a favore dell’ Unità d’Italia. La fine del Granducato e l’inserimento di Cortona nel contesto nazionale comportarono modifiche strutturali nella vita politica e amministrativa cittadina. La classe dirigente locale, in parte erede dei ceti liberali moderati, si confrontò con le correnti radicali e, più tardi, con la nascente componente socialista e con i cattolici, che nel tempo tornarono a partecipare alla vita politica. Nella seconda metà dell’Ottocento si moltiplicarono inoltre gli interventi urbanistici, sostenuti dalla volontà di rendere Cortona più moderna e accessibile. L’ingresso dell’Italia nella Grande Guerra segnò per Cortona, come per l’intero Paese, un periodo di sacrifici e lutti. Numerosi cortonesi furono chiamati alle armi e il tributo di vite umane fu ingente, segnando la società locale in modo duraturo. Il dopoguerra fu segnato da una profonda crisi economica, esacerbata dalla svalutazione della lira, dall’elevata disoccupazione e dai contrasti fra proprietari terrieri e contadini mezzadri, spesso colpiti dalla perdita di manodopera maschile dovuta alla guerra. Terminato il conflitto mondiale, Cortona intraprese un profondo processo di ricostruzione materiale e morale, inserendosi nel più ampio contesto di rinnovamento della neonata Repubblica Italiana . Sul piano amministrativo, la guida della città rimase saldamente nelle mani delle forze di sinistra. A partire da quel decennio cominciarono a manifestarsi intensi flussi migratori, in parte diretti verso i principali centri industriali del Nord e in parte verso il fondovalle, dove si svilupparono nuovi insediamenti, dotati di maggiori opportunità lavorative e di migliori collegamenti. Nonostante questi mutamenti, Cortona riuscì a preservare intatto il tessuto storico del centro urbano, continuando a valorizzare il proprio patrimonio artistico e archeologico. Nel medesimo periodo, emersero alcune criticità che avrebbero condizionato lo sviluppo locale nei decenni successivi. Il costante calo demografico fu il primo fattore di allarme. Un secondo elemento di preoccupazione fu la riorganizzazione ecclesiastica , quando la storica diocesi di Cortona venne accorpata a Sansepolcro ed Arezzo con sede vescovile nel capoluogo aretino. Tale provvedimento suscitò un diffuso senso di rammarico, poiché comportava la perdita di un presidio religioso e culturale considerato parte integrante dell’identità cittadina.